有機農業生產設置林帶作為緩沖帶與周圍普通生產隔離，設置天敵的棲息地，增加地表覆蓋，增加氮的吸收和存儲。有機種植中的投入品進行嚴格限制，應通過回收、再生和補充土壤有機質和養分來補充因作物收獲而從土壤帶走的有機質和土壤養分。不使用化肥和農藥，降低化學生產的碳素。為了培育土壤永續生產力，提高碳匯，有機強調施用優質有機肥料、生物肥料、天然礦物肥料和生物農藥，鼓勵利用農畜廢棄物制作堆肥，循環利用農業廢棄物。

以作物秸稈栽培食用菌，收獲食用菌后，菌渣中仍含有大量的活性微生物和食用菌絲以及未被吸收的營養物質和微量元素。因為其菌渣可以再次作為一個草生菇栽培料，實現一料兩用兩收獲；或將菌渣經過一定的工藝發酵，可作為飼料蛋白質替代源，酌情選用來作為飼料或飼料添加劑，既可飼喂草食動物，也可飼喂肉食動物進入養殖業循環；又或菌渣直接還田、覆蓋茶園和果園，使土壤疏松透氣，增加土壤有機質的積累和有益微生物的繁殖，改善土壤環境條件；又或菌渣經過工藝處理制成有機肥，接種高溫纖維菌可使菌渣堆內溫度迅速上升至45℃以上，并可持續18～20 天，堆制成為有機肥，再次進入種植業。畜牧業產生的糞便等廢棄物經過一定的加工處理成為有機肥，同樣用于養殖種植業；種植業生產的秸稈飼喂草食動物，或經過加工后作為更多動物的飼料，形成養殖―沼―果(蔬)、秸稈―畜禽糞―食用菌―沼―肥―農田等低碳、綠色、高效、綜合性的生態農業鏈。

在種養殖業發展過程中嚴格控制生產各環節，改進生產技術，利用可再生能源，生產有機農產品。有機農產品作為生產原料進入農產品加工領域，被提高產品附加值后進入貿易流通領域。種養殖業的廢棄物在環保農資領域進行處理，一部分形成農資產品進入農業生產領域，一部分形成能源(沼氣)改善農業生產。通過這樣充分利用可再生資源的方式，有機農業將農業生態系統中養分和能量達到最佳結合，最為易行的土壤固碳方式。